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Baker 实验室开源跨膜 β-桶蛋白生成设计流程 TMB_pipeline

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AI 综述

Baker Laboratory 在 GitHub 开源了 TMB_pipeline 仓库,提供跨膜 β-桶(TMB)蛋白生成设计的完整流程代码,采用 BSD 3-Clause 许可证发布。仓库包含 TMB_RFD2 主链生成与 TMB_MPNN 序列设计的示例脚本,以及用于训练的蒸馏数据集筛选 notebook。模型权重约 1.9 GB,含权重与容器的完整下载约 30 GB。环境基于 Singularity/Apptainer 容器运行,序列设计需 GPU,另可选接入 LigandMPNN 侧链堆积模型。

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报道时间线

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10月29日
  1. GitHub · 3D 生成新仓库
    Baker Laboratory 开源 TMB_pipeline:跨膜 β-桶蛋白生成设计流程

    Baker Laboratory 在 GitHub 发布 TMB_pipeline,提供跨膜 β-桶(TMB)蛋白生成设计的完整流程代码,包含 TMB_RFD2 主链生成与 TMB_MPNN 序列设计的示例脚本,以及用于训练的蒸馏数据集筛选 notebook。模型权重仅约 1.9 GB,含权重与容器的完整下载约 30 GB,环境基于 Singularity/Apptainer 容器运行,序列设计需 GPU,另可选接入 LigandMPNN 侧链堆积模型。

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